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基因组重测序
低深度重测序
低深度重测序
简要概述
全DNA组低程度重测序(Low coverage WGS,LcWGS)指的是合理利用较低程度(~1×)的重测序大数据表格分析展开遗传性的突变临床表现,后采用DNA型插入,将低相对强度大数据表格分析插入为高相对强度DNA型大数据表格分析。LcWGS 不必整体联合开发,测序成本费低,并能取得全DNA组遗传性的突变,更不不利于新一波较模本的物理性质精确定位及 GS 生物育种用途。
应用场景
01. 性状定位
动植物全基因组关联分析
02. 遗传评估
动植物全基因组选择育种
技术优势
  • 变异信息
    丰富
    可获取全基因组组的基因突变
  • 高性价比
    以超低的测序生产低廉,赚取高体积的标记符号,检则有压缩效率高
  • 大群体
    样本检测
    适用人群于大群体行为的遗传基因型测量及深入分析
  • 分型
    准确性高
    针对添加优化算法,分析准确性率能达98%
技术流程
优秀案例
低深度重测序--猪胴体分割性状及形态性状的遗传解析与基因组预测
本研究测定了长白、大白、长大二元以及杜长大三元猪4个群体的2,012头猪的17个分割肉性状和14个胴体性状。使用单倍型GWAS分析和基于基因型填充数据的GWAS分析分别鉴定到14个和112个与胴体分割性状极显著相关的QTLs。利用“中芯一号”芯片检测数据和基因型填充数据对这四个不同群体的分割肉性状和胴体性状进行全基因组选择研究。比较不同基因型数据、不同群体、以及不同预测模型对基因组预测准确性的影响。
图1 GWAS特性地位及GS没想到非常
参考文献
Xie, L., Qin, J., Rao, L., Cui, D., Tang, X., Chen, L., Xiao, S., Zhang, Z., & Huang, L. (2023). Genetic dissection and genomic prediction for pork cuts and carcass morphology traits in pig. Journal of animal science and biotechnology, 14(1), 116.
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